A los 13 años, por una pequeña suma de dinero, fue vendido al Alianza Lima. Luego de hacer las juveniles a lo largo de 4 años, debutó en la primera división de dicho club. Sucedió el 28 de Julio de 2001, en un encuentro ante Deportivo Wanka.
Rápido y vertiginoso fue el ascenso de la “foquita”. Ya para el año siguiente, se asentó en el primer equipo de la capital y terminó siendo nombrado como “el jugador revelación del año”. En 2003 ganó su primer título: el Torneo Clausura, donde fue el mejor jugador de la competición.
En 2004 disputó el Torneo Apertura donde, además de ganar el torneo, convirtió 14 goles. Luego se fue a Holanda, a mediados de 2004, donde firmó contrato con el PSV Eindhoven, club en el que milita actualmente.
Junto al conjunto de los Países Bajos, ganó la Copa de Holanda en 2004-2005; y la Eredivisie –liga holandesa- en 2004-2005, 2005-2006 y 2006-2007.
Con la Selección de Perú participó de torneos Sub. 17, Sub. 20 y Sub. 23. Junto a la mayor, donde lleva anotados 14 goles, jugó las eliminatorias del mundial 2006 y las actuales para Sudáfrica 2010. Además intervino en la Copa América de 2004 y 2007. Solamente salió campeón de los “XIV Juegos Bolivarianos” de 2001 en Ecuador.

http://images.google.com.pe/imgres?imgurl=http://www.futbol91.com/wp-content/uploads/2008/01/farfan_wwwwebsporcom.jpg&imgrefurl=http://www.futbol91.com/biografia-de-farfan&h=401&w=600&sz=27&hl=es&start=3&um=1&usg=__uTimwyb6_YMio_ONSaTJDWyYYyc=&tbnid=0GfvPc3BX6CsOM:&tbnh=90&tbnw=135&prev=/images%3Fq%3Dfarfan%26um%3D1%26hl%3Des%26sa%3DX